水生态修复是一项理论复杂、因素众多、操作困难的工作，既要因地制宜，又要符合科学，更要讲究实效。按照水生态系统的理论，结合河道、湖泊过去情况的分析，根据现在的实际状况和上海地区的实践经验，对修复水生态系统，创造水边和水中生物多样性环境，提出12条操作性措施。
1 两岸造树林河岸上应尽可能留出空间，种植树冠较大的树木，逐步形成林带，地面则栽上草坪，贴岸的树冠还可以伸向河道上空。其作用之一，可以增强生态功能，大树扎在土壤时深而密的根须与草坪形成一个土壤生物体系。其作用之二，可以发挥景观作用，岸边的林带草坪，与河道组合，可以有效地改善这一地区的温度、湿度与舒适度，形成一道独特的风景线。
2 河坡植草坪（或灌木）传统的做法往往忽视生态，把河坡搞成直立式，或用块石和水泥板覆盖河坡并勾缝，其实，在不知不觉中已经破坏了生物的生长环境。从修复水生态系统出发，有条件的河坡都应植上草坪或灌木。护坡上的草坪和灌木所起的作用很大：一是草坪和灌木与土壤形成的土壤生物体系，同样可以像两岸的树林与草坪一样，起到减少有机物对河道、湖泊的冲击和营养化程度的作用，有些灌木的根须还能够直接伸到水体中吸收水中的营养成分；二是河坡是水域向陆域的自然过渡带，草坪和灌木与土壤的结合，改善了温度、湿度，提供了食物；三是在稳定边坡，防止水土流失的同时，改变了护坡硬、直、光的形象，给人们以绿色、柔和、多彩的享受。
3 墙上攀绿藤城市化地区的部分河道，由于整个地区水面积的严重不足，为了确保水安全，提高河道汛期的蓄水量，不得已加高加固了防汛墙。弥补的办法是，在墙的陆域一侧种植绿色的爬藤植物，从下爬到上，到了顶以后从上爬到下，一直到水面；有条件的地区，在防汛墙的两面墙上，可依墙分层而建一些条式和点式的花坛，种上灌木或花草；硬质结构的直立或斜坡式护坡，宜种植一些垂枝灌木。
4 水边栽植物。水边是水生态系统里一个非常重要的组成部分，要尽可能构建挺水植物多样性的环境。在种植方法上，一般可以直接栽在河边的滩地上、斜坡上，也可栽在盆、缸及竹木框之类的容器做成的定床上；直立式防汛墙的下面，在不影响河道断面的基础上，利用河底淤泥在墙边构筑一定宽度，并有斜坡的湿地带，创造挺水植物生长的条件。
5 水流多样化新的河道治理理念，要求在基本满足行洪需求的基础上，宜宽则宽、宜弯则弯、宜深则深、宜浅则浅，形成河道的多形态，水流的多样性。其作用有两条：一是水流的多样性，能够满足不同生物在不同阶段对水流的需要；二是河道的多形态、水流的多样性本身是水系景观的一个重要组成部分。
6 水中建湿地河流、湖泊中的湿地，是修复水生态系统的一项重要手段，也可以称土壤生物工程，国内外有些中、小城市甚至用来处理城市的生活污水。河道与湖泊的治理中，在基本不影响行洪和槽蓄功能的前提下，应尽可能保留和建设一些湿地，一切都要因地制宜。另外，湿地也是水景观中不可多得的重要一笔，它充满了野趣、野味和自然气息，是人们回归自然的一种象征。
7 水面养萍草水面上的植物有两种，一种是根在水里的浮水植物，它们是水葫芦、水葫狸等；另一种是根在河、湖底泥里的浮叶植物，它们是荷花、水鳖等。
8 水下种水草实践证明，水草茂盛的水体，往往水质很好，而且与众不同的是清澈见底。人工种植水草，也是修复河道、湖泊水生态系统的重要一环。
9 水里养鱼虾在放养鱼虾时，要注意食草性、食杂性、食肉性之间的搭配。鱼虾在的水里自由洄游，在水面泛起阵阵涟漪，使河道、湖泊显得生机蓬勃。
10 水底爬螺蚌螺蚌等贝壳类动物和大量的底栖动物，在水底形成了另一个世界，它们是名副其实的水底清道夫，其作用不可小看。
11 曝氧放细菌人们肉眼看不到的细菌、真菌、放线菌、土壤原生动物等生物种群的生存和繁衍，无时不刻地将水中的有机物质分解成无机物质和水，它们需要充足的氧气，所以，应尽量用各种方法和手段进行曝氧，通过增加水体中氧气的方法来促使好氧细菌的生长繁殖，以达到增强和加快分解水中有机污染物的目的。
12 管理经常化修复水生态系统，就是要通过人的努力，连接河道、湖泊中产生者-消费者-还原者的生物链，并积极地、经常不断地进行必要的干预，促使其达到平衡。
河道湖泊是一种重要的自然资源，承载着各自然要素间的能量流、物质流和信息流，发挥着重要的生态功能。河道的生态功能主要有以下5个方面：①通道功能，与交通干线等人工廊道相类似，河道起到不同板块间运输和连接通道的作用。②生境功能，即栖息地作用，为各类水生、陆生和两栖类动、植物以及微生物提供栖息、繁衍和避难的场所。③“源”的功能，能够提供水源，生命的根本。④“汇”的功能，吸收、聚集和积累了大量的物质。
一旦外界对于河道湖泊水体的干扰超过了河流自身的环境恢复功能之后，河流就会出现水质变差、颜色变暗、溶解氧下降等问题，使河道湖泊生态系统发生破坏，从而使食物链上与之密切联系的其他水陆两栖及陆地生物的生存受到威胁，进而影响到整个生态系统。
水体的生态平衡是其他生态平衡的重要保障。所以要恢复生态系统整体的平衡，就要认真考虑平衡的基础条件――河道湖泊水体的生态平衡。城市内河特别是中心区域城区河道是人类活动与自然过程共同作用最为强烈的地带之一。“渠化”和“硬化”等工程手段及污水直排到水体，造成了自然生态破坏、环境质量恶化、服务功能下降等不良后果。具体表现在：①减少了河道植物成分，降低了水体的环境承载力和自净能力；②河道形状“直线化”、“平面化”严重，减少了生境的空间异质性，导致生物多样性降低；③河道的三面硬质衬砌阻断了水陆间物质、能量交换，破坏了生境条件和生态系统完整性，严重时导致河道所在的局部生态系统瘫痪；④景观协调性差，不能满足现代人类期望亲近自然的要求。因此，城市河道湖泊生态修复已经成为我国中长期城市环境治理中的重点任务之一。